La pépinière, parfois appelée aulnay (ou aunay) en raison de la présence d’aulnes, se situait à l’est des jardins, sous le verger.
Nous ne savons pas beaucoup de choses sur la pépinière. L’inventaire du 28 octobre 1744 fait même état de la disparition de celle-ci, transcrivant une querelle entre le représentant de l’abbaye de Saint-Julien (à laquelle Vallières est rattachée) et le jardinier de Vallières concernant son existence même.
La pépinière servait à cultiver les jeunes pousses d’arbres avant de les planter dans le jardin. De ce fait, nous y trouvions de nombreux arbres fruitiers immatures mais également matures comme des cerisiers.
Nous trouvons dans les archives de l’abbaye le nom de différents arbres plantés dans la pépinière : aulnes, noyers, peupliers, bouleaux ou encore de saules. La présence d’aulnes, de peupliers et de saules est permise par le fait que la pépinière est entourée de fossés remplis d’eau.